Основно училище „ Елин Пелин“ отворя врати на 15 септември 1988г. В самото начало то няма свое 
име и в документите се води ОУ № 6 в кметство “Възраждане”. Първият училищен звънец събира учениците на най-новото бургаско училище в двора на СОУ “Константин Петканов”, тъй като сградата, предназначена за учебното заведение, все още е в процес на строеж. Училищния праг прекрачват 795 ученици в 24 паралелки от ІV до VІІІ клас. Първият директор на ОУ „Елин Пелин“ е Кольо Бодуров, а зам.директор – Стоян Спасов.
Първите стъпки на училището са съпроводени с трудности. В продължение на целия първи учебен срок се учи в сградата на съседното училище – след 15,30 ч. През първата учебна година за обучението и възпитанието на учениците се грижат 30 учители. Със свое решение от ноември 1988 г. Изпълнителният комитет на Общинския съвет – Бургас дава името на ОУ №6 – основно училище “Елин Пелин”.
На 30 януари 1989 г. двата от четирите корпуса на училищната сграда са завършени и училището се настанява в нея. С много труд от страна на учители, ученици и родители вече над 30 години училище „Елин Пелин“ гради своя авторитет в Бургас. Официално училището е открито на 7 септември 1989 г.
С ентусиазъм, мотивация и висока отговорност над три десетилетия преподавателите и целият училищен екип работят за превръщането на младите хора в отговорни за себе си личности. С течение на времето ОУ “Елин Пелин”продължава да си отстоява позициите на високо професионално учебно заведение, предпочитано от ученици и родител.